A vizsgálat előkészítést nem igényel, de teljesen éhgyomorral történik – legalább 6 órának kell eltelnie bármely szilárd étel vagy folyadék fogyasztását követően, ezért általában reggel, délelőtt végzik. A vizsgálat megkezdése előtt tájékozódni kell a társbetegségekről (pl. epilepszia), a gyógyszerszedésről (pl. vérhígító gyógyszerek), gyógyszerérzékenységről. Mindezek befolyásolják a vizsgálat vagy szükséges más beavatkozás elvégezhetőségét. A beavatkozás előtt a kivehető műfogsort el kell távolítani.
Az eszköz levezetésének megkönnyítéséhez a garat területét Lidocain spray-vel érzésteleníteni kell. Ezt követően a vizsgálóágyon bal oldali fekvésben kell elhelyezkedni, a fogak közé – az eszközt és a fogainkat is védő – műanyag védőt helyeznek. A vizsgálóeszköz hajlékony, száloptikás, kb. kisujjnyi vastagságú hosszú cső, ez kerül levezetésre.
A beteg együttműködésére csak a vizsgálat kezdeti részén van szükség, mert a nyelvünk mögé kell engedni az eszközt, melyet felszólításra egy nyelés segítségével lehet jól és gyorsan a nyelőcsőbe juttatni. Ezt követően már csak tűrni kell azt a néhány percet (3-5 perc), amíg a vizsgálat befejeződik.
A gyomortükrözés nem jár fájdalommal, ugyanakkor elég kellemetlen, egyrészt a cső lenyelésekor – főként ha lidokainérzékenység miatt nincs mód a garat érzéstelenítésére –, illetve amikor a cső a gyomorban van, nem szabad nyelni. Emellett az okoz még kellemetlenséget, hogy levegőt kell befújni, ami feszülő érzéssel, fájdalommal járhat, esetleg hányingert, böfögést okozhat.A módszer nemcsak a nyelőcső, a gyomor vagy a nyombél nyálkahártyájának elváltozásainak – vérzés, gyulladás, fekély, polip, daganatok – felderítésére, hanem szövettani mintavételre, a Helicobacter pylori baktérium kimutatására is lehetőséget nyújt, ezek azonban fájdalmat már nem okoznak. A látott képet az orvos monitoron többszörös nagyításban látja, és mód van fénykép vagy videofelvétel készítésére is.
A vizsgálat szövődményének alacsony a kockázata, súlyos esetben a gyomor vagy a nyelőcső fala kilyukadhat, de ez csak nagyon ritkán esik meg, illetve a mintavéltel járhat vérzéssel.
Amennyiben jól kooperálunk, a vizsgálat sokkal kevésbé kellemetlen, mint amennyire előtte félünk tőle, és hamarabb is fejeződik be.